"Зенит" был переведен в молодежный состав "Зенита" 22 сентября после отказа выйти на матч чемпионата России с самарскими "Крыльями Советов". Футболист выразил недовольство тратами "Зенита" на высокооплачиваемых новичков Акселя Витселя и Халка и потребовал резко увеличить ему зарплату.
Вместе с Денисовым в дубль "Зенита" был отправлен форвард Александр Кержаков, который, впрочем, вскоре вернулся в основной состав. От Денисова руководство клуба потребовало публичных извинений, но первоначально полузащитник извиняться отказался.
В заявлении, опубликованном после встречи с руководителями "Зенита", Денисов признался, что поступил неправильно. Полузащитник отметил, что он поддался эмоциям и в итоге не смог помочь партнерам и оправдать ожидания болельщиков. "У меня действующий контракт, я должен и хочу отработать его до конца", - подчеркнул футболист. Соглашение Денисова с "Зенитом" будет действовать до 2015 года.
Хотя Денисов более месяца не играл за основной состав "Зенита", главный тренер сборной России Фабио Капелло по-прежнему вызывал полузащитника в национальную команду, в которой Денисов носит капитанскую повязку. Денисов принял участие в последних матчах сборной - с командами Португалии (1:0) и Азербайджана (1:0). В чемпионате России сезона-2012/13 Денисов провел за "Зенит" восемь матчей.
