Аргентинец встал у руля сборной Парагвая в 2007 году. Под руководством Мартино парагвайские футболисты в 2010 году впервые вышли в четвертьфинал чемпионата мира, а в июле 2011 года добрались до финала Кубка Америки. Причиной своего ухода тренер назвал отсутствие прогресса сборной после ЧМ-2010.
По сообщениям СМИ, национальную команду после отставки Мартино возглавит 40-летний парагвайский специалист Франсиско Арсе, в данный момент занимающий пост главного тренера клуба «Рубио Нью».
Херардо Мартино находился в списке кандидатов на пост главного тренера сборной Аргентины, которую в итоге возглавил 56-летний специалист Алехандро Сабелья.