В 1998 году он принял участие в чемпионате мира в составе сборной Югославии, за которую провёл три матча. В 2006 году Станкович в составе сборной Сербии и Черногории провёл все три матча на мундиале в Германии. В минувшее воскресенье Станкович вышел на поле против команды Ганы в качестве футболиста сборной Сербии.
Таким образом, в своей карьере он представлял на мировых первенствах сборные трёх разных стран.