В своей карьере Неста не раз получал серьезные травмы, причем, как правило, на чемпионатах мира. В 1998 году футболист повредил правое колено, в 2002-м – левую ногу, а четыре года спустя получил мышечную травму.
В сезоне-2008/09 он испытывал серьезные проблемы со спиной и принял участие лишь в одной встрече. В нынешнем чемпионате Италии защитник провел 22 встречи, забив два гола.